A Igreja Presbiteriana teve sua origem em João Calvino, que nasceu na Franca, em 1509, mas exerceu seu ministério na Suíça. Sua vida se deu na efervescência do movimento da Reforma Protestante, que era um protesto contra a decadência moral e teológica da Igreja Católica.
A ênfase de sua doutrina foi, acima de tudo, na soberania de Deus.
No Brasil, A Igreja Presbiteriana fincou suas bases com a vinda do missionário Ashbel Green Simonton, em 12 de Agosto de 1859. Outras tentativas foram feitas muito tempo antes com Jacques Le Baleur, em 1560, que foi preso em S. Vicente, deportado para a Bahia, onde ficou encarcerado por 4 anos, e, afinal, quando veio para o Rio de Janeiro, foi enforcado por ordem de Mem de Sá, e tendo como carrasco o padre José de Anchieta.
O nome “presbiteriano” vem do fato de ser uma igreja governada por “presbíteros”, que reunidos em Conselho governam a igreja. Um presbítero sozinho pode ser um mestre, pregador, educador, mas não pode governar sozinho. O sistema presbiteriano implica no conceito de Concílios.
O princípio básico é que alguns governam todos. A igreja, reunida em Assembléia, elege, por voto secreto, os seus líderes. Se o presbítero, no decorrer do mandato, se tornar prejudicial à igreja, esta poderá fazer cessar o seu mandato, já que a igreja é soberana. Toda eleição e decisões maiores devem ser tomadas com a maioria absoluta dos membros civilmente capazes.